Chùa Kỳ Viên thành lập vào năm nào không có tài liệu để chứng minh cụ thể, nhưng theo bảng chùa Kỳ Viên hiện nay vẫn còn treo ở trước chánh điện thì trong bản chùa đó có ghi hai dòng chữ Tàu có thể giúp chúng ta xác định được niên đại của chùa. Dòng thứ nhất phía bên phải có ghi:

THIÊN VẬN NHÂM TUẤT NIÊN LỤC NGUYỆT THẬP CỬU NHẬT KÍNH TẠO.

Dòng thứ hai phía bên trái có ghi:

THÍ CHỦ LÊ VĂN THỤ THẤT CHUNG NGUYỄN THỊ TRUNG ÐỒNG PHỤNG CÚNG.

Qua hai dòng chữ trên, chúng ta có hai giả thuyết:

1) thứ nhất, nếu ngày tháng năm ghi trên bảng của ông bà họ Lê và họ Nguyễn hiến cúng bảng chùa dựa theo ngày, tháng, năm lập bảng thì có lẽ chùa được thành lập trước năm 1922, lý do là xây dựng chùa trước rồi thí chủ cúng dường bảng chùa sau;

2) thứ hai, nếu bảng chùa đó căn cứ vào ngày thành lập chùa thì chắc chắn chùa Kỳ Viên được thành lập vào ngày 19 tháng 6 năm 1922.

Theo lịch sử chùa Kỳ Viên được viết trong văn bản ngày 09-01-1957, vào năm 1947 chùa này do bà Bùi Thị Ngọc (thường gọi là bà Năm Chùa hay bà Năm Ngọc) trụ trì, bà tu theo truyền thống Phật giáo Bắc tông. Những người hộ pháp ở đây có lòng tin với Phật giáo Nguyên thủy đầu tiên là ông Huờn, ông Ðội Hậu, ông Chín Cửu, cô Năm Mập và bà Chín Cửu. Thỉnh thoảng ở đây có một nhà sư khất sĩ được mời đến giảng đạo, đó là sư Năm, sau này là tổ Minh Ðăng Quang của Phật giáo Khất Sĩ.

Năm 1948, do tình hình chiến tranh, Chùa Bửu Quang bị tàn phá. Cụ Nguyễn văn Hiểu cùng với nhóm cư sĩ chùa Bửu Quang đến mượn chùa Kỳ Viên của bà Năm Ngọc để làm địa điểm luận đạo, thuyết pháp. Không lâu sau, chùa Kỳ Viên bị giải tỏa phóng đường cho xe cứu hỏa lưu thông. Thừa lúc đó, nhóm cư sĩ Nguyễn văn Hiểu thấy đối diện có đất trống của gia đình Hui Bổn Hỏa (Chú Hỏa) nằm góc đường Phan đình Phùng và Bàn Cờ nên họ đến mướn đất để xây chùa với ý định sau này sẽ làm trụ sở Phật giáo Nguyên thủy tại Sài Gòn.

Ngày 21 tháng 7 năm 1949, Ðô thành Sài Gòn cấp giấp phép cho xây lại chùa Kỳ Viên mới. Từ ngày khởi công cho đến hoàn thành chỉ mất có ba tháng, và lễ nhập tự và lễ An vị Phật được cử hành vào ngày 9 tháng 10 năm 1949 .

Từ ngày xây cất xong, chùa Kỳ Viên sinh hoạt thuần túy theo Phật giáo Nguyên thủy nhưng chùa còn ở trong tình trạng đất mướn. Bổng nhiên có hai vị chư hộ pháp xuất hiện phát tâm trong sạch xuất tiền mua toàn bộ khu đất chùa Kỳ Viên mà nhóm cụ Hiểu đang mướn đất, để dâng cúng Tam bảo. Hai người đó là ông Kim Long và bà Lâm thị Thiệt. Vào ngày 16/ 2/ 1952 (nhằm ngày 21 tháng Giêng, Nhâm Thìn), ông bà và chư thiện tín cư sĩ long trọng cử lễ dâng đất và chùa đến chư Tăng Phật giáo Nguyên thủy. Ðại diện chư Tăng nhận đất và chùa là Hòa thượng Hộ Tông dưới sự chứng minh của ngài Sư Cả trụ trì chùa Mahàmontrey ở Campuchia.

Năm 1953, một trận hỏa hoạn thiêu hủy gần hết xóm Bàn Cờ và chùa Kỳ Viên bị lửa táp cháy xén một gốc nhà bếp. Qua cuộc hỏa hoạn đường xá trong Xóm Bàn Cờ được mở rộng và chánh quyền thời bấy giờ nối dài con đường Richaud (Phan đình Phùng), chính vì thế mặt tiền chùa Kỳ Viên bị khuất sau những dãy phố cất trên khoảng đất trống trước cửa chùa. Do đó, nhóm cư sĩ hộ pháp Nguyễn Văn Hiểu bàn tính lên kế hoạch kêu gọi bá tánh hùn phước cùng nhau trùng tu lại chùa Kỳ Viên để xoay mặt tiền chùa ra đường mới, nay là đường Nguyễn đình Chiểu. Thời gian trùng tu lần này bắt đầu từ 12 tháng 2 năm 1954 kéo dài đến tháng 11 năm 1954 mới hoàn thành, và từ đó Chùa giữ nguyên dạng cho đến ngày nay. Tổng chi phí xây dựng trên tám trăm ngàn đồng, một số tiền rất lớn vào thời đó. Lúc đó ở Sài gòn, chùa Kỳ Viên được xem là một trong những ngôi chùa đẹp nhất.

Về mặt kiến trúc, chùa KỳViên từ lúc thành lập cho đến năm1947 hoàn toàn theo lối kiến trúc và cách thờ phượng của Phật giáo Bắc Tông. Từ khi chuyển sang Phật giáo Nguyên thủy, kiến trúc và cách thờ phượng chuyển sang truyền thống Phật giáo Nam tông. Nhưng lúc này kiến trúc cũng không có gì nổi bật lắm chỉ xây thêm một chánh điện thờ Phật, trên nóc giữa chánh điện xây một ngọn tháp hình tứ giác và trên phía tháp mặt tiền có đề hàng chữ Kỳ Viên Tịnh Xá.

Khi chùa Kỳ Viên được trùng tu lại vào năm 1954 thì lúc này mới có nét kiến trúc của Phật giáo Nguyên thủy. Nóc chánh điện xây theo kiểu hai máy. Ðứng trước mặt tiền nhìn vào, phía trên cao nhất xây theo kiểu tam giác, trong đó có hàng chữ KỲ VIÊN TỰ, điều này cho thấy người chủ trương thể hiện dân tộc tính. Tam giác thứ hai, viết chữ chùa Kỳ Viên bằng tiếng Pàli mẫu tự Latinh: JETAVANA- VIHÀRA. Dưới tam giác thứ hai là một hình bầu dục nhìn vào trông có vẻ uy nghiêm và trầm hùng.Mặt tiền chánh điện có cả thảy là ba ngưỡng cửa để đi vào chánh điện, một của chính và hai cửa phụ hai bên, phía trên ba ngưỡng cửa này đều có xây hình bầu dục,song sắt của hình bầu dục là những chiếc là Bồ đề trông thật đẹp và dễ thương.

Chánh điện thờ Phật theo dạng tam cấp, từng cao nhất là thờ Xá Lợi Phật, từng thứ hai là an vị tượng Phật tổ Thích Ca, tầng thứ ba thờ Phật chuyển pháp luân và phía dưới có một bộ ghế sơn son thép vàng để thờ những tượng Phật Thích Ca loại nhỏ, và có chưng bông hoa. Bộ ghế này do quân đội hoàng gia Thái Lan hiến tặng. Bức tường phía sau nơi thờ xá lợi và Phật có vẽ nhiều ngọn tháp nhìn vào thật đẹp trông giống như bồng lai tiên cảnh. Không gian chánh điện rất rộng và cao nên mỗi lần tụng kinh âm vang nhè nhẹ, vang dội bốn phương khiến cho người tụng kinh và người ở ngoài chánh điện nghe lời kinh tiếng kệ rất hay, âm diệu nhẹ nhàn uyển chuyển.

Phía sau chánh điện là một trai đường, gác trên trai đường là tăng xá dành cho chư Tăng nghỉ, phía trước dãy phòng tăng xá là một hội trường nho nhỏ dành để chư Tăng hội họp bàn luận về Phật pháp, trên hội trường này có một tủ thờ rất nhiều tượng Phật trên thế giới do Hòa thượng Bửu Chơn hiến tặng sau mỗi lần dự hội nghị Phật giáo. Cổng tam quan chùa Kỳ Viên ngày nay xây theo lối kiến trúc Thích Ca Phật đài ở Vùng Tàu không giống như cổng tam quan ngày xưa.

Chùa Kỳ Viên thời đức Phật do ông Cấp Cô Ðộc dâng cúng rất đặc biệt. Ðức Phật cư ngụ ở đây rất lâu và nhiều bài pháp ngày nay còn ghi trong kinh điển cũng được Ngài thuyết giảng tại đây. Chùa Kỳ Viên ở Việt Nam cũng thật xứng đáng với tên gọi Kỳ Viên ở Ấn Ðộ. Vì ở đây có nhiều sự kiện quan trọng và là điểm son của Phật giáo Nguyên thủy Việt Nam.

Nhắc đến Kỳ Viên ở giai đoạn đầu, chúng ta không thể nào quên một vị pháp sư tài ba lỗi lạc, đó là Pháp sư Thông Kham. Ngài thông thạo Tam Tạng, thuyết pháp giảng đạo thật lưu loát. Nhờ có ngài nên Phật tử mới am tường chánh pháp Phật giáo Nguyên thủy và cứ thế quần chúng Phật tử đến quy y tại chùa Kỳ Viên càng ngày càng đông. Ngày nay chúng ta vẫn còn thấy những quyển sách của pháp sư như Ba Mươi Tám Pháp An Lành, Phật Tổ Cồ Ðàm, Giải Ðáp Thắc Mắc Người Cư Sĩ, Tìm Hiểu Phật giáo v.v. Người thứ hai là Pháp sư Hòa thượng Narada người Tích Lan. Ngài đến đây dâng Xá Lợi cho chùa Kỳ Viên và ngài từng thuyết pháp giảng đạo bằng Anh ngữ qua sự thông ngôn của đạo hữu Phạm Kim Khánh cho Phật tử Việt Nam. Những bài pháp của ngài là những viên ngọc quý cho thiện nam tín nữ noi theo tu hành. Ngài có rất nhiều quyển sách được dịch sang Việt ngữ để phổ biến cho người Việt Nam nương theo đó tu hành. Kể từ ngày có hai vị pháp sư trên, chùa Kỳ Viên là một vị sao Bắc Ðẩu trên bầu trời Sài Gòn. Nhắc đến Kỳ Viên ai cũng biết và dần dần trở nên nổi tiếng ở trong nước cũng như trên thế giới.

Tại địa điểm quan trọng này, vào ngày 14-05-1957 được sự cho phép của chánh phủ, cụ Nguyễn Văn Hiểu thành lập TỔNG HỘI PHẬT GIÁO NGUYÊN THỦY VIỆT NAM. Ðồng thời vào ngày 18-12-1957, quý vị Hòa thượng Bửu Chơn, Thiện Luật, Hộ Tông, Kim Quang, Giới Nghiêm, Tối Thắng và Giác Quang thành lập GIÁO HỘI TĂNG GIÀ NGUYÊN THỦY VIỆT NAM. Kể từ đó cho đến năm 1981, chùa Kỳ Viên là trụ sở của Giáo hội Tăng Già Nguyên Thủy Việt Nam. Các vị Hòa thượng Tăng thống của Giáo hội Tăng già Nguyên thủy Việt Nam đều là những vị trụ trì chùa Kỳ Viên, đến nay đã trải qua những đời trụ trì:

- Hòa thượng Hộ Tông
- Hòa thượng Bửu Chơn
- Hòa thượng Tối Thắng
- Hòa thượng Giới Nghiêm
- Hòa thượng Thiện Thắng
- Hòa thượng Ẩn Lâm
- Thượng tọa Viên Minh
- Hòa thượng Siêu Việt
- Thượng tọa Tăng Ðịnh

Tuy nhiên, đời trụ trì Thượng tọa Viên Minh và Thượng tọa Tăng Ðịnh là thời điểm Giáo hội Phật giáo Việt Nam ra đời, cho nên hai vị không còn đảm nhận chức vụ Tăng thống nữa. Về mặt hành chánh, kể từ ngày Giáo hội Phật giáo Việt Nam thành lập, chùa Kỳ Viên mặc nhiên không còn là trụ sở của Giáo hội Tăng già Nguyên thủy Việt Nam nữa. Những vị trụ trì trên đã đóng góp rất tích cực và phát huy Chùa Kỳ Viên nổi bật theo từng giai đoạn khác về mọi mặt như xã hội, văn hóa, hoằng pháp v.v.

Chùa Kỳ Viên hiện nay tọa lạc tại số 610, đường Nguyễn Ðình Chiểu, phường 3, quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh. Thượng tọa Tăng Ðịnh được Thành Hội Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh bổ nhiệm giữ chức trụ trì từ năm 1992 cho đến nay. Ðây là một trong những điểm hoằng pháp chính của Thành phố Hồ Chí Minh: Chùa Xá Lợi, Chùa Aán Quang, Chùa Kỳ Viên, Chùa Vĩnh Nghiêm và Tịnh xá Trung Tâm.

Mỗi Chủ Nhật đều có tổ chức thuyết giảng Phật pháp cho chư Phật tử, số Phật tử đến tham dự khoảng 500 người. Trong hai ngày sám hối có tổ chức hành thiền và thuyết pháp, số lượng khoảng 800 người đến tham dự. Ðặc biệt mỗi tháng có hai ngày mùng một và mười lăm, có mở khóa tu thiền Tứ niệm xứ dành cho các hành giả muốn tu tập pháp hành thiền, suốt ngày từ 8 giờ sáng cho đến 17 giờ chiều, do quý thiền sư Tăng Ðịnh và Hộ Tịnh đảm nhiệm. Mỗi ngày trong tuần đều có tổ chức những lớp giáo lý dành cho Phật tử. Môn học gồm có Vi Diệu Pháp, Thanh Tịnh đạo, Phật pháp chuyên đề, Trung bộ kinh, Pháp cú kinh, kinh tụng Pàli. Thành phần giảng sư gồm những vị có trình độ Phật học uyên thâm.

Ðặc biệt gần đây, Thượng tọa Tăng Ðịnh có tổ chức tái bản tất cả kinh sách của chư vị tiền bối của Phật giáo Nguyên thủy và cho ấn hành những bản dịch của Hòa thượng Pháp Minh và Tỳ kheo Thiện Minh để đáp ứng nhu cầu học Phật của chư Phật tử.

Tóm lại, chùa Kỳ Viên trong quá khứ là trụ sở của Giáo hội Tăng già Nguyên thủy Việt Nam, cơ sở hoằng pháp chính của Phật giáo Nguyên thủy và là nơi tiếp đón các phái đoàn Phật giáo quốc tế. Còn chùa Kỳ Viên ngày nay là trung tâm văn hóa của Phật giáo Nam tông, một địa điểm vừa diễn dương pháp học lẫn pháp hành.

Chùa Kỳ Viên ở trong quá khứ lẫn trong hiện tại là một điểm son xiển dương Phật pháp vô cùng quan trọng và lợi lạc cho tứ chúng. Tuy nhiên, về hạ tầng cơ sở đã bị lạc hậu với thời đại và mỗi ngày số lượng tín đồ càng đông sợ e sức chứa bị quá tải. Hy vọng trong tương lai chùa Kỳ Viên sẽ được trùng tu và thiết kế lại cho có tầm cỡ để xứng đáng với tên gọi và vị trí của nó trong lịch sử.