Ngày 19 tháng 8 năm 1970, tín nữ Định Tri thế danh Lê Thị Lộc, phát tâm trong sạch mua lô đất 410m của bà Trần Thị Chưởng ở số 811 Hậu Giang, Quận 6, Sài Gòn, nhằm lô B/620 chiết ra trong bất động sản 620 Chợ Lớn - Phú Lâm; bằng khoán số 780 do ty Điền Địa Sài Gòn cấp ngày 10 tháng 6 năm 1972. Tác ý của tín nữ là cúng dường lô đất này cho thầy của mình là Hoà thượng Tịnh Sự (Huệ Lực) thế danh Võ Văn Đang lập giảng đường để giảng dạy môn Vi Diệu Pháp, và phiên dịch luận Tạng Pāli. Thế nên giảng đường chùa Siêu Lý có mặt từ đó và tồn tại đến ngày hôm nay.

Lúc đầu chỉ là một ngôi nhà lá đơn sơ để Hoà thượng Tịnh Sự tu học và giảng dạy Vi Diệu Pháp cho chư Tăng và phật tử; càng ngày số lượng đăng ký tham dự học Vi Diệu Pháp càng đông, nên nhu cầu phát triển chùa cần phải có.

Năm 1975, Hoà thượng Tịnh Sự cho tiến hành xây dựng chánh điện thờ Phật và Tam Tạng (Pali, Thái, Hán, Việt), chỗ ở chư Tăng, khu nhà bếp, khu vệ sinh trong diện tích 230m, phần còn lại làm không gian và cảnh trí trong chùa. Kiến trúc lúc này là mái tôn, bê tông cốt sắt, có điều thoáng mát và rộng rãi đủ chỗ chư Tăng tu học. Tại địa điểm này đào tạo nhiều nhân tài cho Phật giáo Nguyên Thuỷ Việt Nam, đặc biệt là môn Vi Diệu Pháp học, đào tạo nhiều vị pháp sư nổi tiếng của Phật giáo Nguyên Thuỷ.

Ngày 5 tháng 6 năm 1984 Hoà thượng Tịnh Sự viên tịch, Thượng toạ Tịnh Thân, thế danh Nguyễn Hữu Báu sanh ngày 14 tháng 11 năm 1934 tại Chợ Lớn được kế nhiệm trụ trì. Thượng toạ tiếp tục gìn giữ ngôi Tam Bảo, mở lớp dạy Vi Diệu Pháp, dịch kinh điển, thuyết giảng Phật pháp. Thượng toạ còn là vị giảng sư của thiền viện Vạn Hạnh, quận Phú Nhuận, chùa Kỳ Viên quận 3 và các chùa của Phật giáo Nam Tông.

Tháng 10 năm 2001, do tuổi cao sức yếu, Thượng toạ mời Đại đức Pháp Nhiên về phụ tá cho Thượng toạ. Trong năm này Đại đức vận động phật tử xây dựng Tăng xá để đào tạo chư Tăng tu học ở Học Viện Phật giáo Việt Nam.

Tháng 10 năm 2004, sau khi Thượng toạ Tịnh Thân viên tịch, duyên lành đến, Đại đức Pháp Nhiên cho đại trùng tu Giảng đường chùa Siêu Lý, tháng 9 năm 2005 hoàn thành; tháng 10 năm 2005 lễ khánh thành được long trọng tổ chức có sự tham dự của các vị Tôn túc Trưởng lão  hệ phái Nam Tông, Ban Trị Sự Thành Hội Phật giáo TP. HCM, đến tham dự và cắt băng khánh thành. Tổng chi phí xây dựng 1.600.000.000 đồng; nguồn kinh phí do chư Tăng, tu nữ và phật tử Phật giáo Nam Tông cúng dường xây dựng.

Mặc dù khuôn viên chùa không được rộng lắm, nhưng kiến trúc chùa Siêu Lý khéo phối hợp nên rất uy nghi, thanh thoát trầm hùng, ẩn hiện dưới bầu trời Quận 6. Một Đại hùng Bửu Điện, hai dãy Tăng xá và một cổng Tam quan đều bố cục theo lối kiến trúc Nhật Bản và Trung Hoa. Hoa văn thuần tuý Việt Nam. Bên trong chánh điện tôn tạo bài trí theo nghi thức truyền thống của Phật giáo Nguyên Thủy, có một pho tượng Thích Ca bằng đồng được đúc tại cố đô Huế. Có thể nói đây là một ngôi chùa có kiến trúc rất độc đáo, biết kết hợp, cách điệu, nhưng vẫn thể hiện truyền thống Phật giáo và tinh thần dân tộc.

Đại đức Pháp Nhiên xuất gia năm 1982 với Hoà thượng Pháp Tuệ tại chùa Siêu Lý Tỉnh Vĩnh Long. Tốt nghiệp cử nhân Phật Học, Học Viên Phật Giáo Việt Nam khoá IV tại TP. HCM. Ban Trị Sự Thành Hội Phật giáo Thành Phố Hồ Chí Minh quyết định bổ nhiệm Đại đức Pháp Nhiên trụ trì chùa Siêu Lý năm 2003. Hiên nay Đại đức là Ủy viên trợ lý văn phòng Ban Đại Diện Phật Giáo Quận 6, Ủy viên đoàn giảng sư Phật giáo TP. Hồ Chí Minh.