Chùa Thiền Lâm được thành lập năm 1960 do Hoà thượng Hộ Nhẫn. Thoạt kỳ thủy vào năm 1958, Giáo hội đề cử Ngài từ Tam Bảo về trụ trì chùa Tăng Quang; nhưng sau một thời gian ngắn Ngài nhận thấy hạnh độc cư thiền định, đầu đà Tam y Nhất bát nuôi mạng bằng khất thực không thích hợp ở đây, nên vào năm 1960 Ngài xin phép Giáo hội rời chùa Tăng Quang đến thôn Thượng II, xã Thuỷ Xuân, dựng một liêu thất nhỏ ở ngọn đồi gần nhà máy nước Quảng Tế để tu hành. Thời đó người ta gọi Ngài là "ông sư chùa Cốc". Nay chùa toạ lạc tại Thôn Thượng II, Xã Thuỷ Xuân, Thành phố Huế.

Năm 1966, nhờ đức độ tu hành của Ngài khiến một số đông Phật tử khởi tín tâm cúng dường nên tháp thờ Xá lợi Phật và chính điện (ở tầng dưới) được kiến tạo.

Ðến viếng chùa Thiền Lâm, trước khi vào khuôn viên chùa, tại ngã ba dưới chân đồi Quảng Tế (vị trí nhà máy nước Quảng Tế) khách thập phương sẽ trông thấy một pho tượng "Thế Tôn khất thực" cao khoảng 8 mét, rất uy nghiêm và từ ái. Bảo tượng này gợi nhớ lại hình bóng Thế Tôn cách đây hơn 25 thế kỷ - một đời Thế Tôn trì bình khất thực để nuôi mạng và hoá độ chúng sinh. Tấm gương sáng của Ðấng Ðại Giác từ thuở xa xưa ấy được Hoà thượng Hộ Nhẫn hành trì từ khi mới xuất gia cho đến lúc viên tịch! Ðáng mừng thay là sau khi Ngài ra đi, chư Tăng đệ tử Ngài tại Thiền Lâm vẫn đang tiếp tục kế thừa pháp hạnh thanh cao này. Từ tượng trì bình tới khuôn viên chùa khách thập phương phải vượt qua khoảng đường 300 mét về phía trái đồi Quảng Tế.

Trên đường vào khuôn viên chùa du khách sẽ nhìn thấy bảo tượng Thế Tôn Niết Bàn nằm ở phía bên trái. Bảo tượng này được tôn trí trên nền đàn bê tông ba cấp, dài khoảng hơn 7 mét, ẩn hiện giữa rừng thông và dương liễu. Dáng nằm và gương mặt của bảo tượng thể hiện được vẻ an lạc giải thoát của Ðức Thế Tôn. Chính từ hai tôn tượng này mà đồng bào Phật tử và cư dân ở Huế gọi chùa Thiền Lâm là "chùa Phật đứng - Phật nằm".

Vào trước khuôn viên chùa, ngay dưới chân đồi, phía bên trái, xuất hiện trước mặt du khách là bảo tượng Ðức Phật toạ thiền, quay mặt về hướng Ðông. Tượng và toà sen cao 5,2 mét, tôn trí trên bảo đài 3 tầng cao 9 mét.

Vào đến chùa, tận cùng khuôn viên ở bên trái là ngôi bảo tháp màu trắng cao vút, uy nghi mà thanh thoát giữa nền trời. Bảo tháp có 2 phần: Tầng dưới là chánh điện; tầng trên tôn trí Xá lợi Phật Thích Ca và chư Thánh Tăng. Bố cục tháp phía dưới hình tròn cắt cạnh trước và sau. Phần sau nối thêm hậu điện để thờ Phật và chỗ chư Tăng hành lễ (được xây nối thêm vào năm 1973 - 1974). Phía trên tháp có dáng hình chuông úp với đỉnh nhọn, được trang trí bằng một số phù điêu, hoa văn giản dị. Dáng dấp bảo tháp được mô phỏng theo kiểu chùa Sirimagalà ở Myanmar - nơi Hoà thượng Hộ Nhẫn thọ đại giới nhưng đơn giản hơn nhiều. Tổng chiều cao khoảng 15m. Trong nội điện, tầng dưới tôn thờ tượng Ðức Phật Thích Ca cao 1,6m trên bảo toạ cao hơn 2m. Chung quanh tường chánh điện trưng bày một số tranh vẽ về cuộc đời Ðức Phật Thích Ca và một số chuyện tiền thân. Một đại hồng chung nặng cỡ 7 tạ dặt ở tay trái. Cách bảo tháp khoảng 10m về hướng đông là cổng tam quan không mái có biển đắp nổi dòng chữ: SAMÀDHIVARAVIHÀRA và tên chùa bằng tiếng Việt: Thiền Lâm tự. Ngay sau lưng chánh điện là thiền thất của Hoà thượng và phòng khách (nay làm nơi thờ phụng y bát, di ảnh Hoà thượng). Tiếp đó là một dãy Tăng xá nhỏ được xây cất, chắp nối thêm từ năm 1965 tới 1994. Một dãy Tăng xá mơiỳ được xây dựng vào năm 1998 - 1999 nằm về hướng Tây. Trai đường và cũng là linh đường nằm giáp góc của hai dãy Tăng xá.

Ðiểm thu hút khách thập phương và Phật tử các giới là nơi đây có phong cảnh u tịch, thoáng mát, nhiều cây cao bóng cả, là môi trường sinh thái rất tốt. Ở đây, không khí trong lành, tĩnh lặng rất phù hợp cho những bậc chân tu dừng chân để hành đạo và xiển dương Giáo pháp. Du khách đến đây tham quan, viếng chùa lễ Phật được hưởng không khí an lành, có thể quên đi những tháng ngày mệt nhọc và phiền não.

Sau khi Hoà thượng Hộ Nhẫn viên tịch, người đứng ra đảm nhiệm công việc giám tự hiện nay và trụ trì tương lai là Thượng tọa Hộ Tịnh. Ngôi Tam Bảo này mới chỉ có một đời trụ trì là Hoà thượng Hộ Nhẫn.

Ngoài ra, dưới chân đồi Phật Niết Bàn về phía đông còn có một tịnh thất tu nữ (tịnh thất Gotamì) gồm một chánh điện nhỏ, một dãy ni xá 5 phòng và 2 thiền thất xây cất đơn giản, là nơi hành đạo của các sư cô Nam Tông, đệ tử Hoà thượng Hộ Nhẫn.